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Vista combinada de todos los registros de ClusterQB. Puedes filtrar la vista seleccionando un tipo de registro, el nombre del usuario o la página afectada. Se distinguen mayúsculas de minúsculas.

Registros
  • 14:37 16 dic 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Amber (Página creada con «== Instalación == https://ambermd.org/InstUbuntu.php --> seguir el PDF en amber apt -y update apt install -y libssl-dev Bajar cmake y compilarlo https://cmake.org/download/ ./configure make make install apt -y install tcsh make \ gcc gfortran \ flex bison patch bc wget \ xorg-dev libz-dev libbz2-dev apt -y install openmpi-bin libopenmpi-dev openssh-client sudo apt install -y ucpp libnetcdff-dev libnetcdff-dev libn…»)
  • 19:02 28 nov 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Index (Página creada con «Contenido. <h2> A <h2> *Título del link: Comentarios *Título del link: Comentarios *Título del link: Comentarios B *Título del link: Comentarios *Título del link: Comentarios C *Título del link: Comentarios *Título de la página a visitar|T…»)
  • 17:40 13 nov 2022 Rbetanzos discusión contribs. creó la página Sitios de Fenoles (Página creada con «=== Introduction: === The calculation of solvent site clusters allows to generate information related to the area, time, and type of interactions. That said, we present a brief tutorial for calculating solvent sites using the results of the molecular dynamics run with mixed solvents as input information. {| class="wikitable" style="margin:auto" |+ Pipeline Summary |- ! Header Step !! Description !! Input !! Output !! Note |- | Reference || PDB reference provides ||…»)
  • 17:07 13 nov 2022 Rbetanzos discusión contribs. creó la página Rafael Betanzos (Página creada con «<H1>Rafael Betanzos San Juan</H1> Encargado del área de blah <H2>Educación</H2> <ol> <li>Ph.D. Química Biológica, Universidad de Buenos Aires. 2021 - Presente.</li> <li>M.C. Ciencias de la vida con orientación en Biomedicina y Bionanotecnología. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, 2017-2019.</li> <li>Bs.C. Agrobiotecnología. Universidad Tecnológica de la Selva, 2013-2017.</li> </ol> <H2>Experiencia lab…»)
  • 16:41 13 nov 2022 Rbetanzos discusión contribs. creó la página Servidores de interés (links a servidores de interés)
  • 15:07 13 jun 2022 Jolannot discusión contribs. creó la página Docking Sesgado proteína-ligando (Página creada con «En esta sección se describen los pasos necesarios para correr Docking Sesgado Proteína-Ligado en la jupyter. <h1> Prerequisitos</h1> <ol> <li>UBUNTU</li> <li>AUTODOCK4</li> <li>VMD</li> </ol> Si se es usuario del Clúster, se recomienda compilar Autodock4 de forma local y subirlo compilado al su jupyter personal. En el caso de VMD hasta el momento el uso se hace de forma local. Esto se puede solucionar mediante el uso de la herramienta de…»)
  • 13:42 18 may 2022 Rbetanzos discusión contribs. creó la página Docking sesgado (Página creada con «Hola mundo Para correr las dinámicas utilizamos la siguiente secuencia de paso con su correspondiente script. Minimización • min.mdin Termalización 1 • terma1.mdin Termalización 2 • terma2.mdin Equilibración 1 • equil1_pcte_5ns.mdin Equilibración 2 • equil1_pcte_10ns.mdin Dinámica Molecular Plana • MD-ntp_10-ns.mdin Comentarios: En los scripts se encuentra un parámetro nombrado restraintmask: Nosotros utilizamos ese parámetro para re…»)
  • 17:54 2 may 2022 La cuenta de usuario Rortigosa discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs.
  • 17:52 2 may 2022 La cuenta de usuario Jolannot discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs.
  • 17:49 2 may 2022 La cuenta de usuario Robogado discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs.
  • 17:17 2 may 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Proxy (Página creada con «Si tiene algún problema en la red de la FCEN, tratando de descargar un archivo o paquetes, hay un 99,9 % de que el problema sea el proxy. Primero deben configurarse/agregarse las siguientes lineas en $HOME/.profile <pre> export http_proxy=http://proxy.fcen.uba.ar:8080 export https_proxy=http://proxy.fcen.uba.ar:8080 export ftp_proxy=http://proxy.fcen.uba.ar:8080 export no_proxy=127.0.0.1,localhost </pre> Por otro lado, para que no falle apt update o apt install (cuan…»)
  • 15:56 2 may 2022 Glyco discusión contribs. modificó los grupos a los que pertenece Rbetanzos: de (ninguno) a bot, administrador, administrador de interfaz, burócrata y supresor
  • 14:32 2 may 2022 La cuenta de usuario Jlannot discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs. y la contraseña ha sido enviada por correo (Colaboración)
  • 20:37 29 abr 2022 Rbetanzos discusión contribs. creó la página ¿Cómo crear una página en esta wiki? (Página creada con «Esta página esta diseñada para ayudar en la creación de páginas en esta wiki.»)
  • 20:34 29 abr 2022 Rbetanzos discusión contribs. creó la página Usuario:Rbetanzos (Página creada con «<H1>Rafael Betanzos San Juan <H1> <H2>Educación<H2> <H2>Experiencia laboral<H2> <H2>Publicaciones<H2>»)
  • 20:24 29 abr 2022 La cuenta de usuario Rbogado discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs. y la contraseña ha sido enviada por correo (Colaboraciones)
  • 20:21 29 abr 2022 La cuenta de usuario Rbetanzos discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs.
  • 20:19 29 abr 2022 La cuenta de usuario Jortigosa discusión contribs. ha sido creada por Glyco discusión contribs. y la contraseña ha sido enviada por correo (Colaboración)
  • 20:12 29 abr 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Usuario:Glyco (Página creada con «<h1> Usuario administrador </h1> <h2> Creación de usuarios </h2>»)
  • 17:44 20 abr 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Notebooks (Página creada con «Para crearle notebooks a un usuario se tiene que usar el comando de root que esta en Ragnar <pre> sudo -i ssh ragnar cd /root/services/ ./create.sh {nombredeusuario} El comando retorna una contraseña genérica, que hay que enviarle a la persona dueña de la cuenta Username: {nombredeusuario} URL JupyterLab: https://{nombredeusuario}.jupyter.cluster.qb.fcen.uba.ar URL VSCode: https://{nombredeusuario}.code.cluster.qb.fcen.uba.ar </pre>»)
  • 23:18 6 abr 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Docking proteína-ligando (Página creada con «En esta sección se describen los pasos necesarios para correr Docking Proteína-Ligado en la jupyter. <h1> Prerequisitos</h1> <ol> <li>UBUNTU</li> <li>AUTODOCK4</li> <li>VMD</li> </ol> Si se es usuario del Clúster, se recomienda compilar Autodock4 de forma local y subirlo compilado al su jupyter personal. En el caso de VMD hasta el momento el uso se hace de forma local. Esto se puede solucionar mediante el uso de la herramienta de montaje…»)
  • 19:47 6 abr 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Dinámica Molecular Proteína Solvente desde Jupyter Notebook (Página creada con «En esta sección se describen los pasos necesarios para correr una dinámica en el clúster, haciendo uso de los scripts preparados TLEAPpara preparación de parámetros y ULTRON para preparación y ejecución de la dinámica molecular. En primera instancia, se deben obtener los archivos iniciales con los cuales vamos a trabajar. En esta parte <u>se recomienda</u> abrir los archivos con el visualizador VMD y guardarlo nuevamente con el formato de salida d…»)
  • 17:29 29 mar 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Contenedores (Página creada con «https://git.gsi.de/SDE/slurm-singularity-exec/-/tree/master https://github.com/sylabs/singularity-userdocs/blob/3b7ba085ef0dd2929e1e06d3eaf92a51d8f69ab2/mpi.rst https://docs.rc.fas.harvard.edu/kb/singularity-on-the-cluster/ https://slurm.schedmd.com/SLUG17/SLUG_Bull_Singularity.pdf https://singularityhub.github.io/singularity-hpc/r/quay.io-biocontainers-maker/ https://singularity-hpc.readthedocs.io/en/latest/ https://easybuilders.github.io/easybuild-tutorial/202…»)
  • 16:48 20 mar 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Prerequisitos cluster (Página creada con «* Uso de CLI Linux * Manejo basico de Bash * SSH y SCP * Screen»)
  • 16:46 20 mar 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Sshkeys (Página creada con «Pasar en limpio esto, hacerlo un poco mas amigable Windows : https://docs.digitalocean.com/products/droplets/how-to/add-ssh-keys/create-with-putty/ https://www.ssh.com/academy/ssh/putty/windows/puttygen Linux / Mac https://docs.github.com/en/authentication/connecting-to-github-with-ssh/generating-a-new-ssh-key-and-adding-it-to-the-ssh-agent»)
  • 15:33 20 mar 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Recursos (Página creada con «El cluster cuenta con el siguiente equipamiento: * nodo1 CPUs=24 Memory=62 Gb 1 geforce_gtx_1080ti * nodo2 CPUs=12 Memory=62 Gb 2 geforce_gtx_1080ti * nodo3 CPUs=12 Memory=62 Gb 2 geforce_rtx_2080 * nodo4 CPUs=12 Memory=62 Gb 2 geforce_rtx_2080 * nodo5 CPUs=12 Memory=46 Gb 2 geforce_rtx_2080 * nodo6 CPUs=12 Memory=62 Gb 2 geforce_rtx_2080 * nodo7 CPUs=12 Memory=62 Gb 2 geforce_rtx_2080 * nodo8 CPUs=12 Memory=62 Gb 2 geforce_rtx_2080 * nodo9 CPUs=12 Memory=62…»)
  • 15:25 20 mar 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Conexion cluster qb (Página creada con «= Datos para crear la cuenta = Para crear el usuario se deben proveer los siguientes datos: * nombre de la persona * email * lugar de trabajo * descripcion breve de los trabajos a correr * Clave RSA publica. Si no sabe que es, lea * Crear claves ssh = Como conectarse al cluster = Primero que nada, tienen que tener un nombre de usuario, resultado de haber completado el paso anterior. Con un cliente de SSH (Putty,MobaXterm para Windows por ejemplo, con L…»)
  • 13:15 14 mar 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Monitoreo (Página creada con «La informacion del monitoreo del cluster se visualiza con [https://grafana.com/ Grafana]. Para eso hay instalada una [https://www.influxdata.com/ InfluxDB], de la cual grafana recolecta los datos y los nodos le reportan a la InfluxDB usando el programa [https://glances.readthedocs.io/en/latest/gw/influxdb.html|Glances] Por ahora Grafana y la InfluxDB estan en dualipa. En cuanto a grafana, tiene configurado un unico datasource que es la InfluxDB. Cada nodo tiene la…»)
  • 19:47 24 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Alphafold (Página creada con «https://github.com/deepmind/alphafold instalacion conda: - https://ccportal.ims.ac.jp/en/node/2946 - https://github.com/kuixu/alphafold name: alphafold channels: - bioconda - conda-forge - defaults dependencies: - _libgcc_mutex=0.1=conda_forge - _openmp_mutex=4.5=1_gnu - ca-certificates=2021.10.8=ha878542_0 - certifi=2021.10.8=py38h578d9bd_1 - cudatoolkit=11.0.3=h15472ef_8 - cudnn=8.2.1.32=h86fa8c9_0 - fftw=3.3.10=nompi_h77c792f_102 - hhsuite=…»)
  • 18:22 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Red (Página creada con «= Agregar nodo = formatear e instalar ubuntu 20.04 server, con ssh y proxy sudo apt install sssd libpam-sss libnss-sss sudo vim /etc/sssd/sssd.conf [sssd] services = nss, pam config_file_version = 2 domains = default [nss] [pam] offline_credentials_expiration = 60 [domain/default] ldap_id_use_start_tls = True cache_credentials = True ldap_search_base = dc=cranex,dc=cluster id_provider = ldap auth_provider = ldap chpass_provider = ldap access_provider = ldap ld…»)
  • 18:08 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página Usoslurm (Página creada con «Todos los trabajos enviados, para que puedan ser ejecutados dentro de la cola, deben ejecutarse utilizando Slurm. Para eso se debe crear un archivo bash, que contenga que parametros utilizara el script, para que pueda ser encolado de acuerdo a los recursos disponibles. A continuacion hay un ejemplo de como correr blast: blast.sh <syntaxhighlight lang="bash"> #!/bin/bash #SBATCH -p debug #SBATCH --job-name=testg5pdb # Job name #SBATCH -e slurm-%j.err #SB…»)
  • 17:48 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Quilombos (Página creada con «= Se reinicia el nginx cuando se usa el systemctl = Ya esta arreglado, pero dejo el fix por las dudas: https://serverfault.com/questions/1041031/nginx-sometimes-gets-killed-after-reloading-it-using-systemd = Error al montar nfs = si pone blah blah " you might need a /sbin/mount.<type> " https://askubuntu.com/questions/525243/why-do-i-get-wrong-fs-type-bad-option-bad-superblock-error sudo apt install nfs-common sudo apt install sshfs = Trabajos en CG = No se…»)
  • 17:17 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Slurm (Página creada con «= Instalar cliente slurm = En debian/ubuntu es solo apt install ii slurm-client 19.05.5-1 amd64 SLURM client side commands ii slurm-wlm 19.05.5-1 amd64 Simple Linux Utility for Resource Management ii slurm-wlm-basic-plugins 19.05.5-1 amd64 SLURM basic plugins ii slurm-wlm-basic-plugins-dev 19.05…»)
  • 17:10 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Wiki (Página creada con «Por ahora hosteada en Ragnar con un docker compose en /home/shared/wiki El docker compose lo exibe cranex con un reverse proxy usando ngnix --> https://hub.docker.com/_/mediawiki Los usuarios comunes no tienen permiso de registrarse ni editar. Pero si de ver paginas especiales, no se como prohibirlo, pero no creo que haya problema. Infraestructura tiene los hijos del namespace ClusterQB:* eso solo lo pueden ver los usuarios registrados. https://www.mediawiki.org/wi…»)
  • 17:08 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Storage (Página creada con «= Storage = hay 2 storages bla blah. uno tiene montados los homes y los backups, /etc/fstab: nas:/userhomes /home nfs defaults 0 0 nas:/backups /mnt/backups nfs defaults 0 0 --> ver en ClusterQB:Red el /etc/hosts = para montar la unidad nfs desde fuera de la red = sudo ssh -L 111:192.168.0.90:111 -L 2049:192.168.0.90:2049 esosa@cluster.qb.fcen.uba.ar -i /home/eze/.ssh/id_rsa sudo mount localhost:/userhomes /home/shared»)
  • 16:58 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Usuarios (Página creada con «https://ldap.cluster.qb.fcen.uba.ar/cmd.php?server_id=1&redirect=true ou: People Generic user account gid: clusterusers ... --> create object --> sshPublicKey --> copiar clave publica --> Update object Sobre la cuenta: En el menu de arriba - Add new attribute: Luego sobre los campos: objectClass --> (add value) --> ldapPublicKey --> Por AHORA!: crear directorio /home/{user}»)
  • 12:38 18 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página ClusterQB:Infra (Página creada con «= Infraestructura y configuración del cluster = * Wiki * Usuarios * Monitoreo * Red * Estorash * Slurm * Notebooks»)
  • 18:42 17 feb 2022 Glyco discusión contribs. creó la página MediaWiki:Sidebar (Página creada con « * navigation ** mainpage|mainpage-description ** recentchanges-url|recentchanges ** randompage-url|randompage ** helppage|help-mediawiki * algo ** cosas|otras-cosas»)
  • 18:26 17 feb 2022 MediaWiki default discusión contribs. creó la página Página principal
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