Usoslurm

Todos los trabajos enviados, para que puedan ser ejecutados dentro de la cola, deben ejecutarse utilizando Slurm.

Para eso se debe crear un archivo bash, que contenga que parametros utilizara el script, para que pueda ser encolado de acuerdo a los recursos disponibles. A continuacion hay un ejemplo de como correr blast:

blast.sh

#!/bin/bash
  
#SBATCH -p debug
#SBATCH  --job-name=testg5pdb         # Job name
#SBATCH -e slurm-%j.err
#SBATCH -o slurm-%j.out
#SBATCH  --cpus-per-task 4
##SBATCH --mem=46gb


echo "trabajo \"${SLURM_JOB_NAME}\""
echo "    id: ${SLURM_JOB_ID}"
echo "    partición: ${SLURM_JOB_PARTITION}"
echo "    nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
echo
date +"inicio %F - %T"

echo "
--------------------------------------------------------------------------------
"

eval "$(conda shell.bash hook)"
conda activate blast

srun blastp -query vf.fasta -db VFDB_setB_pro.fas


sacct --format=JobID,Submit,Start,End,State,Partition,ReqTRES%30,CPUTime,MaxRSS,NodeList,MaxVMSize,MaxVMSizeNode   --units=M -j $SLURM_JOBID

Para ejecutar el comando:

sbatch blast.sh

Recuerde que no tiene permiso de admin, asi que la mayoria del software tendra que instalarla en su usuario. En este caso, para usar el programa blast, primero se creo un ambiente conda, donde se instalo el mismo. Si no usa conda, esas 2 lineas NO son necesarias.