Docking sesgado
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Hola mundo
Para correr las dinámicas utilizamos la siguiente secuencia de paso con su correspondiente script.
Minimización • min.mdin
Termalización 1 • terma1.mdin
Termalización 2 • terma2.mdin
Equilibración 1 • equil1_pcte_5ns.mdin
Equilibración 2 • equil1_pcte_10ns.mdin
Dinámica Molecular Plana • MD-ntp_10-ns.mdin
Comentarios: En los scripts se encuentra un parámetro nombrado restraintmask: Nosotros utilizamos ese parámetro para restringir sólo los átomos del backbone. Por tanto, le indicamos al programa que tome el número de @CA de acuerdo al número de residuos. e.g. ':1-173@CA'. para una proteína compuesta por 173 residuos.